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等到李时珍的化验结果出来，就可以确诊了。
他从皇帝的脓血中，除了发现大量的被江南医院命名为‘佛郎机病原体’的梅毒螺旋体外，还有大量的金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌等，所以皇帝其实是杨梅疮合并一系列化脓性炎症了。
虽然查阅内起居注和太医院医案的要求被拒绝，但万密斋和李时珍还是能凭借丰富的经验、科学的化验结果和冯公公提供的问询口供，大体倒推出皇帝发病的过程：
佛郎机病原体进入人体之后，通常会有二三十天左右的潜伏期，以皇帝正月下旬的开始发病的时间来计算，所以他感染的时间应该在去年腊月下旬。
通常来讲，第一期的佛郎机病是不足以致命的。但皇帝身子骨被酒色掏空了，十分虚弱，自身免疫力十分低下，导致佛郎机病原体在体内迅猛繁殖。可太医完全没往这个病上想，只以皇帝是操劳过度、又滥用补药导致上火的结果。所以只开了些清热解毒下火的药，非但没有效果，还把治疗的黄金时间都耽误了。
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